舟山市汽车运输有限公司始建于1951年5月,称定海运输公司。1988年体制下放，公司更名为浙江省舟山市汽车运输公司。1997年，市区两家汽运公司合并，更名为舟山市汽车运输总公司，并先后兼并了舟山客运联合售票处、定海汽车客运旅游服务公司、普陀区汽车运输公司。2001年，企业进行体制改革，企业性质由国有变为股份制。2002年2月，公司更名为舟山市汽车运输有限公司。2011年再次进行体制改革，于2012年3月变更为国有独资企业，公司增资后注册资金12600万元。2012年5月，公交开始体制改革，2013年1月，港城公交公司正式脱离公司独立运作，朱家尖汽车运输公司成建制划归港城公交公司。2015年11月27日，原定海西门客运站顺利搬迁至盐仓街道翁洲大道199号，更名“舟山市汽车客运中心”。2017年12月，公司股东由舟山交通投资集团有限公司变更为舟山海星轮船有限公司。公司于2001年通过ISO9001:2000质量管理体系认证，历经70年艰苦创业，现已成为舟山市道路运输骨干企业，具有国家交通部客运一级经营资质。